QuPath script

文章目录

• • QuPath脚本是Groovy
  • 脚本编辑器示例
  • • 统计对象
    • 统计不同类型的对象
    • 循环
    • 类别计数
    • 计算百分比
    • 面积统计
  • 附加技术点
  • • 默认方法和导入
    • QP和QPEx中的静态方法
    • 导入静态方法
  • 参考文档

Groovy创建的。选择Groovy是因为Groovy具有很多新特性，同时又与QuPath本身所使用的Java编程语言非常匹配。熟悉Java语言的程序员应该很快就可以轻松地学习Groovy。

除了Groovy之外，还可以编写其他脚本语言。要切换到Javascript，只需打开脚本编辑器，然后选择Language（语言）→ Javascript

另外，还可以使用python、matlab或ImageJ宏语言。

Groovy的文档。

for (annotation in getAnnotationObjects()) {
    print(annotation)
}

或者，可以打印标注的某些特定属性。以下代码仅仅打印ROI，而不是对象本身：

for (annotation in getAnnotationObjects()) {
    roi = annotation.getROI()
    print(roi)
}

而以下代码可以打印标注的分类：

for (annotation in getAnnotationObjects()) {
    pathClass = annotation.getPathClass()
    print(pathClass)
}

QP.java

QPEx.java

可以阅读这两个代码文件，更进一步地了解这些方法。

QP.java 包含不依赖用户界面的方法，而QPEx.java 包含qp.java中的所有代码，还包含一些依赖界面的方法。在使用过程中可直接使用qpex.java中的方法。

导入静态方法

使用脚本编辑器运行脚本的时候，QuPath会自动导入qp和qpex中的方法。

但是，在发现默认的导入与编写脚本有某种冲突的时候，我们可以禁用自动导入的功能，在 Run → Include default bindings 设置，禁用后，我们需要手动导入QP或QPEx：

import qupath.lib.scripting.QP
import qupath.lib.scripting.QPEx

参考文档

https://github.com/qupath/qupath/wiki/Writing-custom-scripts