plink: 计算多个SNP集的l连锁不平衡（ld）

plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter

all.snp文件如下所示：