RNA-seq比对组装与定量软件现状（转载）
又是一篇转载，最近在学相关知识
RNA测序并不能直接使用DNA测序常用的BWA、Bowtie等比对软件，这是由于真核生物内含子的存在，导致测到的reads并不与基因组序列完全一致（如下图所示），因此需要使用Tophat/HISAT/STAR等专门为RNA测序设计的软件进行比对。
基因组比对：
Tophat2：可以说是最被公认的RNA测序比对软件（实际上是在DNA比对软件Bowtie的基础上做了一个壳），相信很多做RNA测序的同学都是看着Tophat发表在Nature Protocol上的步骤一步步入门RNA测序的；
HISAT2：Tophat2的非正式升级版本（因为据说还会有Tophat3），在Tophat的算法基础了上做了大量的改进，而且克服了Tophat最大的缺点——速度慢，Nature Protocol上同样发表了操作流程；
STAR：ENCODE计划御用比对软件，权威程度可以与Tophat平起平坐，并且比对速度极快；
MapSplice：TCGA使用的比对软件，我自己没用过；
RSEM：RSEM更像一个软件包而不是一个比对软件，能够提供从比对到计算差异表达的所有步骤，由于不需要自己写代码串联不同软件生成的数据格式，因此用起来比较省时省力，值得注意的是，TCGA使用MapSplice比对后再用RSEM计算表达量，并没有直接只用RSEM原装的Bowtie的比对结果。
转录组比对：这类型的软件我用的不多，最近尝试过Nature Methods上面发表的Salmon，能从Clean reads直接算到表达量，优点是，快，非常快。然而这个软件连BAM文件都没生成，虽然只是定量的话BAM文件的确没什么用就是了…
————————————————
比对软件（RNA-SEQ比对到参考基因组上）：bowtie2 tophat hista2 star
不需要比对（伪比对，基于建立好的参考转录组）：sailfish kallsto salmon
组装与定量：stringtie cufflink RSEM
性能比较：
tophat与Hista2算法相似，但是tophat已经不再维护，且比对速度方面，Hista2 显著高于 tophat。STAR与Hista2类似。
Ballgown在差异分析方面比cuffdiff更高的特异性及准确性，且时间消耗不到cuffdiff的千分之一
Bowtie2+eXpress做质量控制优于tophat2+cufflinks和bowtie2+RSEM
stringtie 性能显著高于cufflink
常见使用组合：
tophat + cufflink (淘汰)
推荐 hista2 + stringtie +ballgown
单细胞转录组推荐用STAR
STAR通过检测更大的已知基因标记子集，显示出相似或更好的细胞类型注释结果。但是，与Kallisto相比，STAR比对的准确性和基因丰度的提高带来了显着降低的计算时间（4倍）和更多的内存（7.7倍）的代价。
STAR+RSEM也可
基因组比对：
Tophat2：可以说是最被公认的RNA测序比对软件（实际上是在DNA比对软件Bowtie的基础上做了一个壳），相信很多做RNA测序的同学都是看着Tophat发表在Nature Protocol上的步骤一步步入门RNA测序的；
HISAT2：Tophat2的非正式升级版本（因为据说还会有Tophat3），在Tophat的算法基础了上做了大量的改进，而且克服了Tophat最大的缺点——速度慢，Nature Protocol上同样发表了操作流程；
STAR：ENCODE计划御用比对软件，权威程度可以与Tophat平起平坐，并且比对速度极快；
MapSplice：TCGA使用的比对软件，我自己没用过；
RSEM：RSEM更像一个软件包而不是一个比对软件，能够提供从比对到计算差异表达的所有步骤，由于不需要自己写代码串联不同软件生成的数据格式，因此用起来比较省时省力，值得注意的是，TCGA使用MapSplice比对后再用RSEM计算表达量，并没有直接只用RSEM原装的Bowtie的比对结果。
转录组比对：这类型的软件我用的不多，最近尝试过Nature Methods上面发表的Salmon，能从Clean reads直接算到表达量，优点是，快，非常快。然而这个软件连BAM文件都没生成，虽然只是定量的话BAM文件的确没什么用就是了…
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比对软件（RNA-SEQ比对到参考基因组上）：bowtie2 tophat hista2 star
不需要比对（伪比对，基于建立好的参考转录组）：sailfish kallsto salmon
组装与定量：stringtie cufflink RSEM
性能比较：
tophat与Hista2算法相似，但是tophat已经不再维护，且比对速度方面，Hista2 显著高于 tophat。STAR与Hista2类似。
Ballgown在差异分析方面比cuffdiff更高的特异性及准确性，且时间消耗不到cuffdiff的千分之一
Bowtie2+eXpress做质量控制优于tophat2+cufflinks和bowtie2+RSEM
stringtie 性能显著高于cufflink
常见使用组合：
tophat + cufflink (淘汰)
推荐 hista2 + stringtie +ballgown
单细胞转录组推荐用STAR
STAR通过检测更大的已知基因标记子集，显示出相似或更好的细胞类型注释结果。但是，与Kallisto相比，STAR比对的准确性和基因丰度的提高带来了显着降低的计算时间（4倍）和更多的内存（7.7倍）的代价。
STAR+RSEM也可