TransVar网页版使用

TransVar网页版使用

Transvar是一个基因变异位点的多功能注释软件,之前已经介绍过本地版本的下载和使用方法。

为了方便使用，TransVar提供了网页版方便生信人员使用，界面简单易用。

WEB：https://bioinformatics.mdanderson.org/transvar/

网站页面

数据输入

如图所示，右边输入框可以输入我们的坐标，保证一行是一条记录。也可以将坐标列表放置于TXT文件中，“选择文件”上传文件。

参数选择

1、选择适当的参考基因组。Reference Genome

2、选择需要注释的信息，可以根据自己所需进行选择。如果需要NM_*的转录本，则选择RefSeq即可。

3、根据自己的输入数据进行选择。

  • 输入的基因组坐标，选择"Forward Annotation: gDNA"

  • 输入的cDNA坐标，选择"Reverse Annotation: cDNA"

  • 输入的氨基酸坐标，选择"Reverse Annotation: Protein"

获取结果

点击submed，等待片刻即可输出注释结果

input	transcript	gene	strand	coordinates(gDNA/cDNA/protein)	region	info
PIK3CA:c.1633G>A	NM_006218 (protein_coding)	PIK3CA	+	chr3:g.178936091G>A/c.1633G>A/p.E545K	inside_[cds_in_exon_10]	CSQN=Missense;dbsnp=rs104886003(chr3:178936091G>A);reference_codon=GAG;alternative_codon=AAG;dbxref=GeneID:5290,HGNC:8975,MIM:171834;aliases=NP_006209;source=RefSeq
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