如何解压从UK biobank下载下来的tsv.bgz文件?


   

    今天碰到一个问题,就是从UK biobank下载下来的gwas result file是filename.tsv.bgz格式。这东西需要解压才能阅历,可是用zip或者rar都是搞不定,网上搜了一圈,说用zcat解压,可是找不到zcat。于是就上Google上面搜了一圈,尝试了用R语言的R.utils包解压读取数据,但是数据太大,电脑动不了。最后发一下比较可行的办法,就是用linux系统。

   第一步,直接进入linux系统,打开文件所在文件夹,打开指令输入框“Ctrl+Alt+T”或者右键打开。

   第二步,输入:mv filename.tsv.bgz filename.tsv.gz.  【这里的filename=所下载的文件名,本案例中就是22650_1.gwas.imputed_v3.both_sexes.tsv.bgz】

   第三步,输入:gunzip filename.tsv.gz

   这样子就能在文件夹中得到解压的文档:filename.tsv。

由于本人是刚进入基因组学领域,所以很多不懂。随笔仅是学习记录,可供自己以后查阅,所以格式界面较不美观,真的没时间折腾这个。希望也能帮到一样刚入门的小白们。