onionnet安装

conda env create -f onionnet.yaml

python -m pip install --upgrade pip

pip install -r requirements_onionnet.txt

conda install -c conda-forge mdtraj(如果后续报错就再执行一次，或者执行(conda install -c omnia mdtraj)

产生特征：

python ../../generate_features.py -inp input_PDB_testing.dat -out output_features.csv

底物名为LNS的情况，input_test.txt里包含了所有底物名为LNS的蛋白：

generate_features.py -inp input_test.txt -lig LNS -out test.features

预测结合能：

onionnet_without_realpka_original.py -i test.features -o test.out